—母子公司體制構建具有濃厚的行政色彩，集團化的目標被扭曲。在觀念上，母子公司特別是母公司的高層管理者還沒有從行政官員的思想中解放出來。集團內的母子公司還是比較典型的“行政公司”，政企不分突出。母子公司產權關系和股權關系不清晰，公司化改造滯后。以管理代替治理，沒有建立起管理與治理相結合的集團內部管控體制。
　　—集團管控模式滯后于企業發展速度，不能對業務戰略形成有力支撐。集團管控模式與公司實際業務組合、資源和能力不匹配。
　　—母子公司因資本聯結到一起，但又分別是獨立經營的法人主體。母子公司之間關系處處理不好，導致母子公司發生沖突，諸如母子公司的融資擔保問題、母子公司商標使用權之爭、母公司挪用子公司資金、子公司要反向收購母公司、母子公司的銷售渠道之爭以及母子公司的財務權、人事權力的沖突等。
　　—企業集團雖然具有規模性的優勢和組織結構上的優勢，可以進行集團內部資源的協同配置，但最常見的問題是在企業的實際經營過程中集團化的戰略協同優勢未能充分發揮出來，集團規模經濟潛在價值挖掘不夠。
　　—在母子公司管控結構層面經常出現的問題有：母公司的出資者財務管理失控，集團內部資源調動混亂，整體效率低下，總部對分子公司的稽核與控制體系混亂，總部對子公司的管理漏洞多，導致資源流失，兼并過程管理無序，母子公司的法律架構不足以使母公司產生管理能力，致使母子公司戰略沖突，形不成合力。
　　—在母子公司的具體管控操作層面經常出現的問題有：下屬企業山頭主義，子公司員工面臨多頭指揮和多頭領導，總公司過多干涉子公司內部事務，母公司無法對子公司的經營計劃、資金管理、高級人事管理等運營和業績管理監控不到位，母子公司的權利邊界劃分不清晰，母子公司的預算管理脫節，組織架構不能適應管控模式的要求，不能有效激勵與約束子公司的經理層人員等，子公司執行力低下。管理人員不能高效執行高層決，外派董事、監事的管理缺位，不能有效體現集團總部對參股企業的決策意圖。